История школы №46 берет начало с 1961 года, когда исполнительным комитетом г. Улан-Удэ за номером №27 было принято решение строить школу в поселке авиастроителей Загорск. К 1961 году было построено только одно крыло школы, но все таки школу открыли.

2 Учителя и ученики учились, работали, а после уроков помогали строить, вывозили мусор, сажали деревья. Этот факт подтверждает выписка из приказа по школе № 27 от 24 мая 1962 г. «Решением общешкольного собрания было постановлено, что вся родительская общественность примет активное участие в строительстве и благоустройстве школы, а организацию этого дела должны возглавить строители и педколлектив школы…»

В 1962 году было выпущено 200 выпускников 8-х классов.

К началу нового 1962 учебного года школа была принята комиссией. Сначала она была восьмилетней.

Первым директором школы был В.С.  Митюшкин (1961 г.)

С 1962 г. по 1965 г. директор школы  П. К. Манжиханов.

В 1966 г. Школа стала средней общеобразовательной.

А в 1968 г. состоялся  первый выпуск 10-летней школы. Первые медалисты.

С 1970г. по 2001г.  школу  возглавляла Г. И.  Лучникова.

В 1971 г. Школа перешла на кабинетную систему.

Среди общеучебных специализированных кабинетов появились и особенные: кабинеты-музеи, посвященные творчеству А.С. Пушкина, русской («Русская изба») и бурятской («Бурятская юрта») культуре, истории костюма.

Здесь ребята могли погрузиться в атмосферу изучаемого предмета  через окружающие предметы, многочисленные экспонаты и костюмы.

В 1982 году на базе школы 46 образована школа искусств №9 и в 1991 году был первый выпуск.

В 1983 г. на базе школы был организован хореографический ансамбль «Овация».

В 1992 г. Запущен инновационный проект «Создание модели школы гуманитарно-эстетического направления на основе интеграции общего и дополнительного образования», в расписании с 1 по 11 классы появились уроки ритмики, театра, музыки, изобразительного искусства.

В 1992 г. на базе школы № 46  были образованы ансамбль современного танца «Каскад» и хор мальчиков «Рапсодия».

В 2002 г. Были организованы первые профильные классы (естественно-математический, гуманитарный).

Разработан и апробирован инновационный проект «Школа интегрированного типа» (2002 г.)

В 2003 г. Школе присвоен статус «Кандидат федеральной экспериментальной площадки Министерства образования Российской Федерации-2003».

С  2010 г. директором школы является Е.И. Ринчиндоржиева.