Создана в сентябре 1936 года как железнодорожная школа № 68, директор школы -  Кавалер ордена Ленина, Заслуженный учитель Бурятской АССР, Шубин Василий Ванифатьевич.

В годы Великой Отечественной войны в здании школы располагался эвакогоспиталь № 943.

С 1943 введено раздельное обучение, школа № 68 становится мужской.

В 1961 году школа № 68 переименовывается в среднюю общеобразовательную школу № 42 с производственным обучением.

В 1972 году был открыт школьный музей имени Николая Петрова.

В 80-х годах введено углубленное изучение предметов естественно-математического и гуманитарного циклов, раннее изучение иностранных языков.

С 1991 года действует школьное самоуправление, созданы детские организации.

В 2003 году создан Попечительский совет.

С 2004 года осуществляется переход на предпрофильное, профильное и дистанционное обучение.

В 2008 году  присвоен статус инновационной экспериментальной площадки (пилотной) федерального уровня по организации предпрофильной и профильной подготовки учащихся совместнос Томским образовательными центрами «ВИРТ» и «Школьный университет».

В 2011 году школа приняла статус автономного общеобразовательного учреждения; создан Наблюдательный совет.